O legado deixado por São João da Cruz sobre, o estudo do processo de sofrimento causado pelas noites escuras da alma, é algo muito valioso e acalentador, pois esses sofrimentos não depende da ação do indivíduo que está passando por essa fase de turbulência.
As noites escuras da alma são sofrimentos que estão relacionados com fatos traumáticos que aconteceram na história do seu sistema e ele apenas está sendo o instrumento de cura e elaboração dos sintoma de seu sistema, não havendo nada a ser feito. A aceitação é um ato de humildade que precisa ser experienciado.
Ao indivíduo cabe buscar formas de fortalecimento para que possa atravessar o período de dor de uma forma menos traumática e mais elaborada. Nada do que ele está passando depende dele, está a serviço do sistema e tem como função mostrar para os demais os temas que precisam ser constelados.
Nesse período de atribulação a solidão, a ansiedade e outros desconfortos estarão presente no cotidiano da pessoa, a sensação de dor e abandono é intensa. As noites escuras da alma vão fazer com que o indivíduo experiencie um deserto pessoal, onde todo o processo não corresponde ao contexto daquele momento, é algo que o sistema carrega e que faz jus aos contextos vivenciados em outro momento por outras gerações daquele sistema.
Essa fase de noite escura da alma está sendo ser vivido por esse indivíduo para curar os traumas e dores de seu sistema.
Através do entendendo desse contexto sistêmico, é necessário que todos que convivem com a pessoa que está sofrendo sejam empáticas e agradecidas. Todos precisam ter o entendimento de que o processo de cura do sistema está sendo elaborado através da dor desse indivíduo. Ele está experienciando um deserto pessoal para entregar aos seus descendente uma vida melhor.